運輸及房屋局表示，按現時規劃，廣深港高鐵將來是以協議模式營運，內地和香港分別負責各自路段的列車調度，有傳媒報道指「廣州車務控制中心將統一調度兩地的高鐵列車」並不正確。
該局今日發聲明澄清，指廣深港高鐵未來會以協議模式營運，港方一直按此規劃，與內地主管部門和營運單位商討高鐵香港段將來開通的營運細節，現階段雙方沒有計劃以合營模式營運廣深港高鐵。
根據國家高鐵線路的管理規範，高鐵的管理原則是各調度中心負責管轄範圍內行駛列車的調度，即分別由高鐵香港段設於石崗的調度中心和高鐵內地段設於廣州的調度中心負責監察和控制在各自路段行駛的列車。
石崗調度中心會依據嚴謹程序，獨立監察和控制在高鐵香港段管轄範圍內行駛的列車。
雖然兩地的調度中心可透過調度集中系統取得兩地的列車運行資訊，以配合列車調度，並在需要時就兩地的列車營運和調度安排作溝通，但廣州調度中心只會負責調度在高鐵內地段管轄範圍內行駛的列車，不會負責高鐵香港段管轄範圍的列車營運和調度。
若遇上緊急情況，石崗調度中心可停止在高鐵香港段管轄範圍的列車運作，廣州調度中心則沒有這個權力。
該局又指，全國高鐵網絡的訊號系統均須符合CTCS-2規格（用軌道電路傳輸訊號）或較先進的CTCS-3規格（用無綫電傳輸訊號）。廣深港高鐵採用CTCS-3規格和CTCS-2規格的雙系統設計，提供雙重故障防禦，以達到高鐵香港段和內地段無縫連接和安全營運。
