青衣南至南昌一段，要跨越藍巴勒海峽和貨櫃碼頭，建橋的話，要和昂船州大橋差不多高，才不致影響貨櫃輪進出。鐵路爬坡能力低，青衣南站必須為高架站。
另外，南昌附近地面空間有限，這線停南昌的話，要在現南昌站下/旁再建站，從橋上到南昌站，有沒有足夠的距離，讓鐵路降至地底？
此線會經過貨櫃碼頭上空和在旁邊經過，可能要向貨櫃碼頭徵地，或需要貨櫃碼頭操作上配合，會否影響貨櫃碼頭效率？令香港的貨運業雪上加霜呢？
由於新青馬連接路已有一定的深度，所以青衣南至南昌一段會用隧道形成興建
不過我承認在鐵路走線方面做得比較粗疏，因為計劃效集中在公路方面
我會因此作出改善
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