筆者自己本身不吸煙，也並非法律專家。以下內容僅為筆者根據已發佈資料的整理和推論，與實際運作和執行情況不一定完全等同。
香港西九龍站實施“一地兩檢”，設置內地口岸區。除保留事項外，西九龍站內地口岸區視為處於香港以外並處於內地以內，由內地管轄，實行內地法律。西九龍站內地口岸區的控制吸煙工作，是同時涉及保留事項和非保留事項的一項工作，需要港方和內地派駐機構分別履行各自職責予以落實。總的來説，西九龍站內地口岸區相關區域的控制吸煙工作主要由港鐵公司依據《香港鐵路附例》進行實施，但旅客的違規處罰措施則是由內地派駐機構根據內地法律執行。
一、控制吸煙和吸煙室的設置
《國務院關於同意廣東廣深港高鐵西九龍站口岸對外開放的批覆》規定，廣深港高鐵西九龍站內地口岸區由深圳市人民政府負責管理，因此西九龍站內地口岸區原則上在適用全國性法律的同時，也適用深圳市的地方性法規。根據《深圳經濟特區控制吸煙條例》第八條和第九條的規定，深圳市室內工作場所和室內公共場所都禁止吸煙，吸煙點只能設置在室外區域。
不過，《內地與香港特別行政區關於在廣深港高鐵西九龍站設立口岸實施“一地兩檢”的合作安排》第三條和第七條亦規定，西九龍站內地口岸區的設立不影響高鐵香港段的服務經營權及營運和監管，由廣深港高鐵香港營運商負責的運營事項亦適用香港法律。因此，港鐵公司可以根據《香港鐵路附例》及其他相關法律的規定，負責整個香港西九龍站的控制吸煙事宜，在西九龍站內地口岸區設立吸煙室，同時規定在吸煙室以外的其他區域禁止吸煙。
二、違規處罰措施
在香港西九龍站“一地兩檢”方案出爐以前，港鐵公司曾依據《香港鐵路附例》在動感號高鐵車廂內張貼“禁止吸煙，最高罰款5000元”的告示，但在“一地兩檢”落地、高鐵香港段開通後，車廂內及整個內地口岸區的禁煙告示都替換為了僅有“禁止吸煙”字樣的告示。
港铁车站的禁烟告示
“一地两检”方案公布前张贴在港铁动感号高铁车厢的禁烟标识
图片左侧为现实张贴在西九龙站内地口岸区的禁烟标识
西九龍站內地口岸區範圍內無港方執法機關，港鐵公司本身也不具備行政執法權（無票、越站的“罰款”是以“附加費”的名義執行的，屬於運營事項），西九龍站內地口岸區內與吸煙有關的違規處罰應不屬於保留事項，由內地派駐機構依照內地法律執行。筆者曾諮詢深圳市口岸辦，答覆指出“現場工作人員加強巡邏，如果發現旅客在非吸煙區域抽煙，工作人員會引導有需求旅客前往指定區域。”但該答覆未説明如旅客不配合，會有什麼進一步措施。
關於處罰措施和罰款金額，車站內與車廂內應略有差異。西九龍站內地口岸區既包括車站內的相關範圍，也包括在高鐵香港段營運中的列車車廂。車站內適用屬地的地方性法規，如吸煙行為發生在車站內且勸阻無效，內地派駐機構可依據《深圳經濟特區控制吸煙條例》處以50-500元的罰款；如發生在車廂內，則由內地派駐機構根據《鐵路安全管理條例》處以500-2000元的罰款，同時根據《鐵路運輸業信用管理暫行辦法》和《關於在一定期限內適當限制特定嚴重失信人乘坐火車 推動社會信用體系建設的意見》將該旅客納入失信聯合懲戒對象名單，在180天內限制其購買車票和乘坐火車。
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